Korzenie Instytutu Systemów Elektronicznych (ISE) sięgają roku 1951, kiedy to w powołanej do życia Wojskowej Akademii Technicznej, utworzona została ogólnoakademicka Katedra Elektrotechniki. Jej zadaniem było kształcenie słuchaczy (studentów) Akademii w zakresie szeroko rozumianej elektrotechniki, do dziś stanowiącej istotny kierunek działalności dydaktycznej i naukowo-badawczej Instytutu. Pierwszym szefem Katedry Elektrotechniki został ppłk mgr inż. Antoni Kiliński (późniejszy rektor Politechniki Warszawskiej), a jego zastępcą mjr mgr inż. Włodzimierz Dulewicz (późniejszy pierwszy komendant Wydziału Elektroradiotechnicznego). W tamtym czasie w strukturze Katedry występowały 4 laboratoria:
-Laboratorium Podstaw Elektrotechniki;
-Laboratorium Miernictwa Elektrycznego;
-Laboratorium Materiałoznawstwa Elektrycznego;
-Laboratorium Maszyn Elektrycznych;

W roku 1955 Katedrę Elektrotechniki wcielono do Fakultetu Łączności. W 1958 roku nastąpił podział Katedry Elektrotechniki na Katedrę Maszyn i Napędów Elektrycznych oraz Katedrę Podstaw Elektrotechniki.

W 1975 roku następuje restrukturyzacja WAT. Jej wynikiem jest m.in. powstanie Instytutu Systemów Pomiarowych i Automatyki (ISPA), integrującego dwie Katedry: Elementów Magnetycznych i Urządzeń Elektrycznych oraz Podstaw Elektrotechniki.

W 1978 roku dokonano kolejnej reorganizacji struktury instytutu. Przekształcono dotychczasowe zakłady w następujące:
-Zakład Elektrotechniki Teoretycznej i Zakład Miernictwa Elektrycznego na Zakład Teorii Obwodów Elektrycznych;
-Zakład Zasilania Elektrycznego na Zakład Elektronicznych Układów Sterowania;
-Zakład Elektrotechniki Ogólnej na Zakład Elektrotechniki Stosowanej;
-Zakład Elektromaszynowych Elementów Automatyki na Zakład Maszyn Elektrycznych i Serwomechanizmów;
-Zakład Lotniczych Urządzeń Elektrycznych na Zakład Pokładowych Urządzeń Elektrycznych i Elektronicznych.

W roku 1984 następuje kolejna zmiana struktury instytutu. Powstają 3 zakłady:
-Zakład Teorii Obwodów i Pomiarów
-Zakład Pokładowych Urządzeń Elektrycznych i Elektronicznych
-Zakład Elektromaszynowych Elementów Automatyki

W latach 1994-1996 następuje kolejna reorganizacja struktury Wydziału Elektroniki i tworzących go Instytutów. W 1996 roku Instytut Systemów Pomiarowych i Automatyki zmienia nazwę na Instytut Podstaw Elektroniki (IPE). Zmianie ulega też struktura zakładów. Powstają:
-Zakład Teorii Obwodów i Sygnałów
-Zakład Układów Elektronicznych
-Zakład Miernictwa Elektronicznego
-Zakład Elektrotechniki
-Zakład Automatyki i Diagnostyki

W 2005 roku Instytut Podstaw Elektroniki zmienia po raz kolejny nazwę oraz strukturę. Nowa nazwa brzmi: Instytut Systemów Elektronicznych (ISE). Zmniejszeniu ulega liczba zakładów. Powstają 3 zakłady:
-Zakład Obwodów i Sygnałów Elektrycznych
-Zakład Eksploatacji Systemów Elektronicznych
-Zakład Systemów Informacyjno-Pomiarowych